qChip® Hemo es un microarray de oligonucleótidos para hibridación genómica comparada, destinado al estudio de las alteraciones genéticas presentes en los Síndromes linfoproliferativos crónicos de célula B (SLPCs-B). Este microarray se ha desarrollado en colaboración con la Unidad de Hematopatología, del Hospital Clínic de Barcelona, cuyo responsable lidera el Consorcio Internacional de Investigación del Proyecto Genoma de la Leucemia Linfática Crónica (ICGC-CLL).
El diseño de qChip® Hemo lo hace ideal como herramienta de diagnóstico y pronóstico de neoplasias hematológicas con LLC y otros SLPC-Bs. Permite el estudio completo y exhaustivo de una muestra clínica, en un único experimento y con el único requisito de entre 300-500ng de ADN de una muestra de tumor con al menos 30% de contenido de células tumorales, lo cual es fácil de obtener dado que la mayoría de neoplasias linfoides leucemizadas tienen una ‘carga tumoral’ generalmente muy elevada. Así pues, se evita la necesidad de cultivo de células, el requisito de altas cantidades de ADN y la necesidad de muestras tumorales altamente enriquecidas. Además, el ADN se puede obtener a partir de muestras frescas, muestras criopreservadas, así como a partir de tejidos fijados en formol y embebidos en parafina.
Permite detectar:
- Regiones conocidas frecuentemente alteradas en la LLC / SLPC-Bs.
- Oncogenes y genes supresores de tumores conocidos, alterados en neoplasias hematológicas.
- Regiones alteradas en otras neoplasias leucémicas que presentan el diagnóstico diferencial con CLL (p.e. pérdida de 7q3).
- Regiones de inmunoglobulinas (IG) de cadena ligera kappa e IGs de cadena pesada.
- Presencia de cromotripsis.
¿En qué casos está indicado?
Las neoplasias malignas de célula B madura incluyen una variedad de enfermedades hematológicas que resultan de la proliferación clonal de linfocitos B maduros e inmunocompetentes (Tabla 1). Con frecuencia el diagnóstico preciso de los mismos es dificultoso, y requiere considerar en conjunto las manifestaciones clínicas, la morfología, el inmunofenotipo, y los estudios citogenético y molecular, especialmente en los casos en los cuales solamente hay enfermedad leucémica y no hay presencia de enfermedad ganglionar. Los síndromes linfoproliferativos crónicos de célula B no clasificables (SLPC-B NOS) representan un porcentaje bastante elevado de los casos leucémicos que no pueden encajarse en ninguna clasificación concreta por falta de características específicas y únicas de cada entidad (morfología, fenotipo, manifestaciones clínicas…). La caracterización genética y molecular es esencial no solo para definir las diferentes entidades, sino también para poder estratificar los pacientes en bajo y alto riesgo y, en consecuencia, orientar la intervención terapéutica más adecuada y su monitorización.
Detalles técnicos
El qChip® Hemo es un microarray de oligonucleótidos basado en un diseño mixto, dirigido (targeted) con cobertura global (o backbone). En su primera versión (v1.0), las sondas que componen el backbone permiten la detección de alteraciones de tamaño medio (1 sonda/115Kb, en promedio) fuera de las regiones de alteración supresores de tumores (CDKN2a, TP53, BIM …) y oncogenes (BCL2, REL, …); además de regiones importantes para el diagnóstico diferencial con otras neoplasias de células B o síndromes linfoproliferativos de células B pequeñas no especificado. El microarray contiene, además, sondas que cubren 2 loci de inmunoglobulinas como control de clonalidad. Finalmente, el estudio global de alteraciones, también permite la detección de fenómenos de cromotripsis.
Ventajas:
- Screening de las alteraciones de número de copia en regiones de reordenamiento recurrente con valor pronóstico [5], así como de todo el genoma con elevada especificidad y sensibilidad (en comparación con FISH que solo detecta alteraciones en 4 regiones)
- Menor tiempo de respuesta y mayor robustez técnica (i.e. probabilidad de entregar un resultado), al partir de ADN y no requerir cultivo celular.
- Posibilidad de realizar análisis a partir de ADN extraído de tumores parafinados o células fijadas.
- Mayor capacidad de análisis gracias a un análisis más rápido y objetivo.
