Qgenomics

Genomics for human health

qCell Identity

El servei qCell Identity està pensat per a:

  • la identificació de línies cel·lulars
  • la detecció de contaminació creuada amb altres tipus cel·lulars.

L'estudi es realitza mitjançant marcadors de tipus microsatèl·lit. La combinació dels nou microsatèl·lits emprats produeix un perfil genètic amb una probabilitat de coincidència per atzar de 1 en 2.92x10^9.

Identifica les teves línies cel·lulars!!!

L'autentificació de línies cel·lulars és un requisit obvi i d'importància cadbal per a la recerca. S'estima que entre un 15 i un 20% de les cèl·lules que s'utilitzen en recerca biomèdica estan mal identificades i/o presenten contaminació creuada[1]. Això no obstant, molts pocs investigadors de la comunitat científica verifiquen la identitat de les seves línies cel·lulars. Aquests fenòmens són origen de resultats no-reproduïbles i inconsistents, disminució en la qualitat dels treballs publicats (i fins a retracció d'articles), un risc potencial per a la salut i, sobretot una pèrdua de temps i diners!. Conscients d'aquests perills, des de fa algun temps, revistes de gran impacte com Clinical Cancer Research o Nature, exigeixen informació sobre la identificació de les línies cel·lulars emprades a l'estudi abans de revisar-lo! 

 

 [1]  Science 16 February 2007: Vol. 315 no. 5814 pp. 928-931.

 

Quan testar?

  • En els primers passatges després d'haver adquirit o generat una nova línia cel·lular
  • Com una mesura estándar de control de qualitat quan es comença un nou experiment
  • Abans d'una publicació
  • Quan s'observen un comportament anòmal de la línia
  • Per establir el perfil genètic d'una nova línia cel·lular.[2].
 

Resultats del qCell Identity

El resultat de l'estudi consisteix en un perfil del tamany dels al·lels per als nou microsatèl·lits analitzats. S'utilitzen bases de dades públiques per comparar aquest perfil amb els perfils de les línies cel·lulars dipositades i distribuïdes des dels principals bancs de línies cel·lulars (DSMZ, ATCC, ECCAC...), el que permet la identificació de la línia cel·lular aportada pel client.

Aquest test només és útil per a cèl·lules humanes. Si se sospita de l'existència de contaminació creuada amb cèl·lules d'altres espècies (típicament de rossegadors), convé utilitzar altres aproximacions. En cas d'existència de contaminació creuada amb altres cèl·lules humanes, la detecció és possible a partir d'un grau de contaminació entre l'1 i el 5%.

Donada la inestabilitat dels microsatèl·lits, és probable que amb els subcultius el patró varïi lleugerament, de manera que és recomanable testar-les periòdicament per detectar aquest fenòmen.

Així funciona: simple i ràpid!!!